Bakio-Santuario de Oro (Zuia)  

Viernes, 01 Junio  

3ª etapa        187 km.

Juan Antonio Flecha, del Relax-Fuenlabrada, ganó en la tercera etapa y se convierte en líder de la Euskal Bizikleta. El Relax-Fuenlabrada logra su segunda victoria consecutiva en la Bicicleta Vasca.

La tercera etapa, con 187 kilómetros de recorrido, se disputó entre Bakio y el Alto de Oro. La jornada empezó con continuos intentos de escapada. La fuga del día la protagonizaron Flecha, Turpin y Bruylands, el ritmo de los tres corredores hizo que pudieran mantener la ventaja, aunque por detrás ONCE-Eroski intentara no perder el liderato de Zarrabeitia

El trío de cabeza lograba una diferencia de tres minutos sobre el pelotón, varios equipos se unieron para neutralizar a los fugados pero no lo consiguieron, el propio Lance Armstrong su situó en cabeza de pelotón, imponiendo un fuerte ritmo para dar alcance a los escapados.

Juan Antonio Flecha se encontraba con suficiente fuerza como para atacar, aprovechó las últimas rampas del Santuario de Oro y llegó en solitario a línea de meta, se impuso por delante de Bruylands y Laiseka, ambos a 16 segundos del ganador de la etapa. Flecha marcó un tiempo de 4:35:15.